《火焰纹章：万缕千丝》设有四名主角，每人对应一条不同的故事线。选择一名主角完成其冒险并看到结局字幕，预计需要约50小时。体验四条故事线并完成游戏第三部分，则至少需要超100小时。
单主角流程的长度超过《火焰纹章：风花雪月》，与《火焰纹章：结合》大致相当。不过，实际通关时间还会受到难度和战斗方式影响。
新游戏开始时提供普通和困难两种难度，玩家可以在流程中降低难度，但无法再次调高。困难模式会增加并强化敌军，同时在玩家回溯时间时消耗“天界之沙”，战斗需要投入更多时间思考。
四名主角拥有不同的剧情，各条故事线涉及的内容也不相同。若想看完四条故事线，玩家至少要完成各自主角的剧情，并推进至游戏第三部分。
游戏第二部分不会随主角变化，进入第三部分前可以选择跳过。跳过这部分不会遗漏剧情，但获得的经验会更少；如果每轮都完整游玩以获取更多经验，总流程可能达到约200小时。
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